La consultazione dei fondi archivistici è riservata agli studiosi che abbiano in corso una ricerca scientifica riguardante temi inerenti alla documentazione conservata presso l'Archivio.
Ogni consultazione da parte di ricercatori esterni alla Fondazione è subordinata alla presentazione di una richiesta scritta, nella quale specificare il tema della ricerca e le ragioni per cui si desidera l'accesso ai fondi: spetta al segretario della Fondazione l'accettazione della richiesta.
Una volta ottenuto l'accesso ai fondi lo studioso si impegna a- osservare le norme per la conservazione dei documenti e gli orari per la loro consultazione.
- non pubblicare, in modo parziale o integrale, documenti dei fondi archivistici, se non dopo aver ottenuto l'autorizzazione scritta da parte del segretario della Fondazione Giovanni XXIII.
- indicare nella pubblicazione la provenienza dei documenti citati, presso l'«Archivio della Fondazione per le scienze religiose Giovanni XXIII» secondo la segnatura stabilita per ogni fondo.
- inviare all'Archivio della Fondazione copia di ogni pubblicazione, per la quale sono stati utilizzati documenti provenienti dall'archivio stesso.
La non ottemperanza di uno dei precedenti articoli determina l'esclusione dalla consultazione di tutti i fondi archivistici presso la Fondazione.
Alcuni dei fondi sono soggetti a limitazioni d'accesso o d'uso secondo le volontà di chi li ha depositati, pur rimanendo a disposizione degli studiosi impegnati in progetti di ricerca della Fondazione e per scopi inerenti i progetti stessi. Sono comunque esclusi dalla consultazione tutti i manoscritti Dossetti, Lercaro, Roncalli.